在职业安全健康管理体系建设中，需要制订的程序文件数量多、工作量大，在贯标过程中对这一环节要给予高度的重视，以达到既使企业的管理文件与标准接轨，又达到改善内部职业安全健康管理基础工作的目的。
企业的规模有大有小，各层次管理人员所要求的程序内容就会有所不同，同时职业安全健康管理体系也是一个多层次结构：一个完整的体系由若干个要素组成，一个要素又通过若干项职能来给予落实，而每项职能又都要有若干个职业安全健康活动来保证。因此程序文件需要经过细致策划，建立不同层次的程序以适应相应的管理层和所对应的职业安全健康活动。所有政策和程序的总和实际上构成职业安全健康管理体系总策划和管理职业安全健康活动基础。
如上所述，由于职业安全健康管理体系结构是多层次的，所以其程序文件在客观上也存在着层次性。在策划程序层次时，一般地说，中小型企业的职业安全健康管理体系结构层次少而简单，其程序文件的层次也可以少些，甚至可以只是一个层次，即按要素划分，一个要素编一个(或几个)程序文件，对该要素的全部职业安全健康活动加以规定。大中型企业的职业安全健康管理体系结构层次多而复杂，上层管理者希望每个要素有一份简练包含该要素所有职业安全健康活动的程序文件，中层管理者可能希望编写比较详细地描述要素一部分的程序以控制基层管理人员的职业安全健康活动。这时，程序文件可能分为两个或更多个层次。第一个层次是按整个要素所有职业安全健康活动的简明程序文件，供企业的上层管理者使用，也可以把程序文件的头、尾部分去掉直接纳入职业安全卫生管理手册的对应要素或作为编写职业安全健康管理手册对应要素的基础。第二个层次是对第一层次的展开，按细化了的职业安全健康活动编写，一个要素包括多个程序文件。通过这样的设计，从而确定程序的层次和数量。
另外，要特别注意相关要素和相关职业安全健康活动的接口，通过程序文件的规定使其衔接，协调一致。在设计时要力求减少程序文件的数量，并防止接口各方出现相互矛盾。
通过这样的策划，提出程序文件层次和目录清单，使其覆盖所有适用的职业安全健康管理体系要素和活动。但是并不是说企业的所有职业安全健康活动都必须写成程序文件。程序文件具有标准的性质，只有那些通用的、会重复出现的职业安全健康活动才需要写成程序文件，对于那些一次性的或简单的职业安全健康活动，可以用其它方式进行规定，不需写成程序文件。一个企业的程序文件层次和数量，由企业根据需要自行确定。
不难理解，程序文件的层次性关系到体系的完整性和系统性，是至关重要的，如果不事先细致地策划和统筹安排，采用想到哪里写到哪里的“零打碎敲”方式，很难达到完整性和系统性之目的，在组织实施时就会造成许多“三不管”地带，引起互相扯皮、职业安全健康管理职能不落实的局面。
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