氢氟酸可经由皮肤、眼睛、吸入、或口服等途径进入人体，产生毒性。其对人体的伤害，主要经由氢离子及氟离子两个机转所产生，通常对组织立即的伤害，主要是由氢离子所产生，次发性的伤害则经由氟离子对组织的伤害而产生：
1. 氢氟酸是酸，但由于其氢离子对氟离子的亲和力较强，解离度较低，所以在稀的溶液中游离氢离子较少，因此在接触时，常不会立即的疼痛(不像其它强酸会立即产生严重的疼痛)，也正因为其对表面组织刺激性较弱，易导致患者在暴露后，因无立即明显的症状，而延误治疗的良机。虽然氢氟酸的酸性也可以产生严重的灼伤，但通常其中的氢离子对人体伤害只占次要的角色，氟离子侵入组织深部，才是氢氟酸造成人体伤害的主要元凶。
2. 高渗透性的氟离子可渗入组织深部，产生液化性坏死(liquefactionnecrosis)、骨骼脱钙、及严重的深部组织疼痛。它会与体内钙、镁等阳离子结合，产生不可溶的氟化钙或氟化镁等盐类，而导致低血钙及低血镁。此外，氟离子也会与含有金属原子的酵素结合，抑制酵素的活性。至于氢氟酸中毒所产生严重的深部组织疼痛，目前则认为主要是由于氟离子造成钾离子向细胞外移动，而造成神经末稍受到刺激，以及氟离子与钙、镁离子结合成不可溶氟化钙、氟化镁，造成细胞坏死所致。
全身性毒性
不论是经由皮肤、吸入、或口服的途径进入人体，氢氟酸中毒都可能产生的低血钙、低血镁、肺水肿、代谢性酸中毒、心室性心律不整、甚至死亡等严重的全身性中毒的症状。文献中所报告的口服氢氟酸中毒的病患多导致死亡，最小的口服致死剂量为1.5gm(或20mg/kg)，病患可在数十分钟内，在没有明显前兆的状况下，突然心脏停止。皮肤接触70％的氢氟酸，占体表面积2.5％，即有致命的报告。动物实验显示，以50％的氢氟酸0.5ml，施于大白鼠的1.7%体表面积上，仅需五分钟即可使血清中氟离子明显的上升，仅30分钟即可产生低血钙、低血镁及高血钾的现象。比较典型的心电图变化为因血钙降低所造成的QT延长，由于血钙的检验常较费时，一般低血钙所产生的肌肉僵直性抽搐(tetany)、Chvostek'ssign及Trousseau'ssign，在氟化物中毒病患身上又很少出现，因此在没有其它好的监视方法前，心电图监视对此类病人则易发显得重要。Gettler及ellerbrook也曾估计，对一位63公斤重的人，最小的致命身体氟负荷仅为104mg(5.47meq)。对于一位70公斤重的人，只要7cc的100%无水氟化氢，即可将其身体内所有的游离钙全部结合，氢氟酸对身体伤害的严重性可见一斑。对于氢氟酸的暴露，一般建议，只要病患有以下情况，就应将病患视为可能产生低血钙、会危及生命的状况来处理：
1. 皮肤接触浓度超过50%，体表面积超过1%者。
2. 皮肤接触任何浓度超过体表面积5%者。
3. 吸入氢氟酸浓度超过60%者。
4. 食入氢氟酸者。
除了全身性症状外，不同途径的氢氟酸暴露，也会产生不同的症状。
口服暴露
文献中所报告的口服氢氟酸中毒的病患虽然并不多，但却多导致死亡。根据林盈秀等的报告，国内亦有因口服氢氟酸而致命的个案。最小的口服致死剂量为1.5gm(或20mg/kg)。病患口服氢氟酸后，可在数十分钟内，在没有明显前兆的状况下，突然心脏停止，因此予以积极的治疗，在这类病患就易发显得重要。口服氢氟酸除可产生口咽刺痛、灼伤、肠胃道症状如恶心、呕吐、腹痛、吐血等局部症状外，亦可造成全身性症状如头晕、倦怠、抽搐、躁动、意识混乱、昏迷、心律不整、甚至心脏停止。
皮肤暴露
最常发生氢氟酸暴露的部位就是皮肤，典型的氢氟酸灼伤，会产生延迟性深部的强烈疼痛，皮肤接触部分会产生厚的血液凝块，如不及时予以治疗，组织会持续破坏，甚至可造成骨骼的侵蚀。接触氢氟酸的初期，皮肤可仅产生轻度的皮肤泛红或可严重至产生三度灼伤，如不予以治疗，组织会继续破坏，产生水泡、变白、变硬、变黑或溃烂，甚至可造成整层皮肤坏死、坏疽、丧失肢体、永久性结疤、变形及永久性失能。
美国卫生研究院(NationalInstituteofHealth)曾根据不同的浓度，将氢氟酸灼伤加以分类，皮肤接触氢氟酸浓度超过50%，一般都会造成立即的疼痛及明显的组织伤害。浓度介于20%至50%，灼伤通常会在数小时内变得明显。若浓度小于20%，灼伤可能会延迟至24小时，才变得明显。暴露稀的氢氟酸主要的危险是，初期可能没有症状，外表也看不出异常，伤者初期常没有警觉，直到数小时后，氟离子穿透深部造成组织破坏，发生严重疼痛时才会去求医。动物研究曾显示，接触0.01%低浓度的氢氟酸，在五分钟内即可产生可见的病变。然对于短时间暴露稀的氢氟酸患者，如能及早开始治疗，常可因此免除日后需加护医疗的必要。
手指是氢氟酸最常暴露的部位，由于指甲下的部位缺乏角质层(Stratumcorneum)的保护，因此受氢氟酸暴露时，很容易侵入深部组织，而导致快速严重的深部组织或骨头的坏死，应特别注意早期予以治疗。
呼吸道吸入
呼吸道吸入氢氟酸可产生咳嗽、局部刺痛、呼吸困难、胸闷、胸痛、气管或支气管出血、肺出血、肺塌陷、及成人呼吸窘迫症候群(AdultRespiratoryDistressSyndrome,ARDS)等，严重病患可在吸入30分钟内快速死亡。呼吸道的症状，甚至持续数月或数年。然吸入氢氟酸，亦可产生延迟性伤害，病患在吸入后数天或数周后发生出血性肺炎或成人呼吸窘迫症候群，导致延迟性死亡。美国政府工业卫生会议及美国国家职业卫生安全局，所订空气中的氢氟酸容许浓度为3ppm。Machle等曾报告，空气中氢氟酸的浓度超过12.1ppm，即可产生症状。Machle等曾以动物实验，将天竺鼠暴露于不同浓度的氢氟酸空气中，显示暴露含氢氟酸浓度高于1.5mg/L空气中，没有一只天竺鼠可活超过五分钟。对于长期暴露于低浓度的氢氟酸环境中，也可产生慢性氟病变(chronicfluorosis)，这些病患容易发生骨骼、关节、韧带不适的症状，X光检查可发现骨骼硬化的现象，定期检查工作人员尿液中的氟含量，将有助于早期发现这些慢性氟中毒的病患。在美国，皆发生数次因大量的氢氟酸外泄，造成上万人需撤离，近千人需住院治疗的事件。在国内，半导体工业快速发展，氢氟酸的使用量快速增加，在公安意外事件频传的现在，不保也会有类似的意外发生。因此，国人除需积极加强防护确保公共安全外，对意外发生后的处置更是不容忽视。
眼睛暴露
眼睛暴露氢氟酸可快速产生疼痛、流泪、结膜发红、角膜混浊等症状，根据研究显示，氢氟酸对眼睛的伤害，比相同浓度的盐酸还要严重，盐酸通常只产生眼睛表面构造的伤害，而氢氟酸则可因氟离子侵入深部组织，而导致更深部眼球组织的破坏。氢氟酸对眼睛的伤害可产生许多合并症，包括视力变差、失明、葡萄膜炎（Uveitis）、青光眼、结膜结痂、眼睑变形、干性角膜炎、眼球穿孔等。
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